炎症性腸疾患を発症する原因は、今だ完全に解明されてはいませんが、免疫学的反応が深く関与していると考えられています。
それには、腸内細菌や過剰な食物抗原への免疫反応、腸管免疫調節の異常や腸のバリア機能の低下などが挙げられます。
食物アレルギーが原因である場合には、腸の免疫システムが異物と認識した成分を含まない低アレルギー食のフードに切り替えて様子を見る必要があります。
細菌やウイルスが分泌する物質に対して免疫システムが異常を起こしている場合もありますので、除菌療法として、室内の生活環境や衛生管理に注意し、食事（フード）の保管方法にも注意が必要になります。
じめじめとした梅雨の時期は、飲み水にもアレルギーの原因物質であるカビがすぐに発生してしまいます。
2日間以上水を入れっぱなしにするだけでも、カビが大量に発生する事もありますので、梅雨の時期は、飲水の衛生管理にも注意し、常に新鮮な飲水を与えるようにしましょう。